張掖市文物保護研究所前身是1992年9月經張掖地區行署批復成立的張掖地區馬蹄寺文物管理研究所，負責全國重點文物保護單位馬蹄寺石窟群的文物研究、保護、管理和開發利用。初設編制十人，科級建制，隸屬地區行署文化處。2002年更名為張掖市文物保護研究所，今隸屬于張掖市文化廣電和旅游局。主要職責是宣傳文物保護政策，為機關文物工作提供技術支撐和服務保障；承擔馬蹄寺石窟群和甘州區境內明長城的保護維修和研究；開展全市境內各類文物的考古調查、搶救性發掘、保護研究；對全市文物資源價值挖掘整理和弘揚利用；申報和實施文化遺產保護相關領域研究課題，開展有關學術活動等。

該所核定編制10名，現有在職人員9人。其中專業技術人員8人，工勤人員1人。職稱結構：副高級職稱4人，中級職稱1人，初級職稱3人，中級工1人。學歷情況：碩士研究生學歷3人，大學學歷3人，大專學歷2人，中專及以下學歷1人。

該所成立二十多年來，認真貫徹執行黨的文物工作方針，守土盡責真抓實干，在文物調查、保護、發掘、整理、研究、宣傳等方面作了大量的工作，為推動全市文化遺產保護工作，服務華夏文明傳承創新區建設作出了積極貢獻。截至目前申報了馬蹄寺石窟群文物本體保護、考古調查、保護規劃、文物數字化展示利用等項目30余個，申報資金近1.2億元；申報國家自然和文化遺產基礎設施建設項目、國家文物局石窟石刻預防性保護項目、甘州區境內明代獨立烽燧保護維修項目等25個，申報資金近2億元。已實施和正在實施馬蹄北寺和千佛洞巖體加固工程、金塔寺石窟巖體病害治理工程、馬蹄寺石窟群安防工程、馬蹄寺石窟群基礎設施建設、馬蹄寺石窟群觀音洞窟區數字化保護、馬蹄寺石窟群千佛洞窟區巖體加固及滲水治理工程、明長城甘州區境內烽燧遺址保護修繕等項目近20個，爭取資金6000多萬元。無論是項目實施數還是資金爭取數均走在了全省的前列。

配合基礎設施建設完成文物勘探和搶救性發掘160000多平方米，清理出土文物3000余件套；完成了長城資源調查、明代獨立烽火臺調查、全國石窟寺專項調查等重大文物調查項目。完成了第三次全國文物普查（2007－2011年）分配任務和馬蹄寺石窟群區浮雕舍利塔（龕）、甘州區城區古民居全面摸底調查；與中國社會科學院考古研究所聯合開展《中國石窟寺考古中長期計劃（2021－2035年）》重點項目－－金塔寺石窟考古調查項目。2022年2月被國家文物局表彰為全國石窟寺調查先進單位。

業務人員先后在國家、省級專業性刊物上發表論文或調查報告（簡報）30多篇；編輯出版了《張掖石窟研究文集》《馬蹄寺石窟》《金塔寺石窟》《文殊山石窟》《臨澤沙河漢晉墓葬》等學術專著，其中《馬蹄寺石窟》等絲綢之路石窟藝術叢書獲得張掖市第五次社會科學獎一等獎，受到市委、市政府表彰獎勵；承擔完成省級文物保護科學和技術研究科研課題《馬蹄寺石窟群摩崖佛塔重點保護技術研究》《馬蹄寺石窟群維修題記及游人題記調查研究》2項。被市委組織部、市人社局授牌成立市級專家科研工作站對文物保護領域重點課題展開攻關并轉化利用。被市委人才工作領導小組辦公室授予優秀人才專家工作室牌子。承辦了絲綢之路古城邦國際學術研討會和第五屆綠洲論壇·絲路文化弘揚與華夏文明傳承創新區建設專題研討會并集結出版論文集兩部。