1.綜合科。負責中心日常運轉，承擔文電、會務、信息、宣傳、信訪、安全、保密、應急和政務公開等工作；負責文書、業務、基金財務檔案管理。

2.經辦服務科。組織實施全民參保計劃工作，編制全　市醫療保障征收計劃；承辦市本級醫療保險參保登記、變更登記、注銷登記等；負責辦理參保人員醫療保險關系轉入、轉出；負責參保人員賬戶建立、賬戶登記、中斷繳費、恢復繳費和終止繳費賬戶處理；負責異地轉診就醫、異地安置等參保人員備案登記工作；負責企業改制前退休人員和失業人員失業期間醫療保險費核定及企業離休人員醫療保險費結算等工作；負責組　織門診慢特病資格的確認工作；配合稅務部門做好醫療保險費申報受理、繳費核定、費用征收、催繳欠費等工作。

3.財務統計科。負責編制醫療保障基金和醫療救助資金收支預決算，執行全市醫療保障基金“統收統支”的收繳、撥付、調劑、核算，記賬和營運；貫徹執行基金財務和統計報表制度，編制匯總各類會計、統計報表；履行財務監督，負責有價證券、支票、單據和網銀管理等工作；負責建立全市醫療保障基金運行情況預警分析制度，指導縣區開展基金運行分析；負責定期核對銀行賬戶、財政專戶和稅務收入戶；參與擬訂全市醫療保障工作規劃。

4.稽核內控科。負責稽查參保對象參保登記、申報人數和　基數　真實性；負責核查醫療保障待遇享受人員繳費情況和個人信息真實性；配合稅務部門開展欠費單位繳費能力綜合評估以及催繳清欠工作；負責監督審計單位內部參保繳費原始資料、業務經辦和個人賬戶記錄等；負責核查基本醫療保險基金和醫療救助資金收入、支出賬目憑證；負責墊付醫療保險基金的追償等工作；負責稽核檢查定點醫藥機構醫療服務　行為以及　　執行醫療保障政策情況，對舉報投訴的醫保案件調查取證，并提出具體處理意見；參與擬定醫療保障基金智能監控配套政策、業務規范和年度工作計劃。

5.基金結算科。負責開展醫療保障精算管理；組織實施“先付費后診療”“一站式”結算工作，負責跨縣區、跨市和跨省異地醫療費用直接結算和清算工作，參與推進醫保支付方式改革；負責醫療保障信息系統建設、維護和技術服務、數據備份及跟蹤核查等工作；負責選擇確定定點醫藥機構并進行協議管理，建立談判機制并監督實施；參與長期護理保險制度改革工作。

6.信息科。負責全市醫保信息系統、醫保信用管理系統和全民參保數據庫、醫保政務信息平臺的建設、安全防　護及管理維護；負責醫保信息系統操作權限管理和定點醫藥機構信息接口認證；負責全市醫保數據采集與質控，承擔醫療服務相關行為和費用監測分析及智能監控等工作；負責本地DIP目錄庫、病種分值測算和動態調整等工作；負責醫保電子憑證推廣應用工作。